Началото на Божието дело в Панагюрище е поставено през 1860 г. от американските протестантски мисионери Д-р Джеймс Кларк и Уилям Мериъм, които посещават града. Те прогласяват благата вест за спасение само поради Божията благодат и само чрез вяра в Христос.
Между повярвалите младежи е Никола Бояджиев, който през същата година се записва в мъжкото мисионерско училище в Пловдив.
През 1865-68 г. в Панагюрище има общество от 25 протестанти, които са жестоко преследвани за своята спасителна вяра в Христос. На 20 март 1868 г. те са арестувани, някои малтретирани, иззети са им всички християнски протестантски книги и са изгорени в центъра на града.
На 25-26 октомври 1894 г. се състои събор, на който евангелско общество в Панагюрище се организира в отделна църква. На събора се изпитват и приемат 24 членове, а Лука Мирчев е изпитан и ръкоположен за пастир на църквата.
Други пастири, които са служили в Панагюрската църква са: п-р Велико Петранов, п-р Илия Кютукчиев, п-р Иван Станков и п-р Никола Райчев, който през 1986 година е отстранен от Държавна сигурност от амвона и му е забранено да посещава града.
Следва период от 21 години, в който църквата се управлява от „служители“ от Пловдивската петдесятна църква, одобрявани от Държавна сигурност.
През 1995 г. в Панагюрище по Божия воля и провидение е изпратен проповедника Емануил Тинев. През 1997 г. малка група започва да се събира в дома на Деян и Донка Чопаринови всяка сряда в продължение на 7 години. След това обществото от вярващи се премества в помещение под наем. През 2007 г. имота на църквата е върнат след многогодишна съдебна борба и църквата започва да провежда своите богослужения в пастирския дом. След 3 години на упорит труд и Божие благословение, напълно обновената църковна сграда беше посветена на Господа на 15 Септември 2012 г.